微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
微生物菌剂如何促进根系生长？
微生物菌剂中含有的大量活性有益菌，像哈茨木霉和枯草芽孢杆菌等，在土壤中不断地生长发育繁殖，分泌大量的几丁质酶、生根素等物质作用于土壤中，同时还能够固氮解磷活钾，提高土壤中肥料的利用率，在做到爆发式生根的同时，还进一步促进作物持续生根，所以微生物菌剂促生根的持效期更长，使作物长势更健康。
首先，微生物菌剂促生根的原理不同于生根剂生根粉促生根的原理。
生根剂生根粉促生根的原理：在作物生产应用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根剂，复硝酚钠等多个成分，是在植物体内维持植物的顶端优势，诱导同化产物向产品（果实）运输，促进植物生根等。
微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。
其次，微生物菌剂促生根的持效期更长，不仅能够爆发式生根，还可以持续生根，且作物长势更健康。
再次，微生物菌剂不仅能够促进生根，还能够养根护根，减少病虫害的发生。
再者，使用微生物菌剂不仅能够生根护根，还能调理土壤环境，使作物处于健康的生长环境中。
如何正确使用微生物菌剂？
一是注意杀菌剂的使用时间。菜农长期不合理施肥后，土壤问题日益加重，蔬菜根系病害多发，预防、防治根部病害的次数增多，其中会包含杀菌剂，而这些杀菌剂对有益微生物同样也会起到杀灭作用。所以，在灌根、冲施杀菌剂后，不能混合或者紧接着使用微生物菌剂，否则一点效果也没有。当然，使用杀菌剂后，土壤中微生物包括有益的和有害的数量都会急剧减少，那么，在杀菌剂有效期约7天后，再冲施微生物菌剂，有益微生物能迅速占位，并发挥作用。菜农可根据土壤中微生物菌群的实际情况，合理安排杀菌剂和微生物菌剂的使用时间，确保土壤中有益微生物菌群占主导地位。
二是注意配合使用供给微生物营养的产品。微生物菌剂施入土壤中，在适宜的条件下后，需要吸取养分迅速繁殖，而产品自身携带养分量有限，若菜农在使用微生物菌剂时，配合使用甲壳素、海藻酸、氨基酸等产品，可以为补充的有益微生物提供养分。当然，若土壤中有机质含量丰富的话，使用微生物菌剂后，也能得到充足的营养供给。
综上所述，随水冲施微生物菌剂后，既要微生物活性，又要其食物所需，这样才能让有益微生物充分发挥作用。就目前来看，有益微生物能促进土壤有机质的分解，产生有机酸类物质，如氨基酸和某些微生物，量虽少，但能刺激作物生长，增强根系发育，提高根系吸收能力。根系生存的土壤环境好了，根结线虫、根部病害等也自然减少了。