微生物肥料与化学肥料相比，生产时所消耗的能源少得多，既降低了生产成本，又减少了由于能源消耗所带来的环境污染。
微生物肥料使用量少，本身，没有污染环境的问题，而化学等肥料的使用则造成了严重的土壤环境污染。另外，化学肥料 中氨态氮和磷酸类物质，由于雨水的淋洗和微生物作用，许多流失进了河流湖泊中，造成河流湖泊的营养化，氮肥以温室效应气体 N2O的形态脱氮，使大气中N2O浓度增加，这已成为当今农业和环境的一大问题。
微生物肥料使用改善了作物根际小生态环境。首先，它能改善由于长期施用化学肥料带来的土壤板结，使作物根部土壤保水，其次 ，在作物根际形成有益菌环境，拮抗致病菌，提高作物抗病能力。
微生物肥料比化学肥料在提高作物品质上有优势
许多研究证明使用微生物肥料对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量有一定作用。在有些情况下品质的改善比产 量的提高好处更大。例如红薯，使用KCL收干率仅为38％，而使用生物钾肥收干率可以达到45％；在水稻上使用生物钾肥比使用化 学钾肥出米率可提高7％。
微生物肥料比化学肥料更具效率优势
近10年，我国化肥总用量增加了90.7％，而粮食总产仅增加了9.1％，氮素化肥的损失率高达45％，这就意味着经济损失1000亿元/ 年，并造成大量的能源损失。而微生物肥料的效率要高很多。例如：根瘤菌中固定的氮素通过长期进化形成的氮固化系统和呼吸系 统途径几乎全部为豆料植物吸收利用，既无利用率低下又无环境污染问题。
微生物肥料在环保领域具有可行性
微生物肥料在环保中的作用利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效 途径。
目前已应用的主要是两种方法：
一是将大量的城市生活垃圾作原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；
二是工厂生产特制微生物肥料供应于堆肥厂，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆 肥质量及成熟度。
另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
提高化肥利用率的作用
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有 污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物 肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能增产 ，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
山东万瑞谷德农业科技有限公司致力于为“改善土壤健康状况、提升土壤肥力、提高农作物产量”提供解决方案，努力打造成作物 营养服务商，本公司既可提供产品，也可向相关企业提供技术或其共同合作生产。