微生物肥料是人们利用土壤中有益微生物制成的肥料，包括细菌肥料和抗生菌肥料，如根瘤菌、固氮菌剂、磷细菌剂、复合菌剂、抗生菌剂等。它的性质与其他肥料不同，本身并不含有营养元素。主要是以微生物生命活动的产物来改善植物的营养条件，刺激植物的生长，或抑制有害病菌在土壤中的活动，以充分发挥土壤潜在肥力的作用，从而获得农作物的增产效果。可见，微生物肥料本身是一种辅助肥料，它不能代替其它肥料。
微生物肥料有哪些主要特性？
施用这种肥料可更好地发挥有机肥和化肥的作用。如根瘤菌和固氮菌，在适当条件下，可以固定空气中的氮素，提高豆科作物的产量。磷钾细菌能将土壤中作物难以利用的，或利用率低的有机、无机磷化合物或矿物态的钾化合物，转变为作物可以利用的磷、钾养分，从而改善作物的磷、钾营养条件。
微生物肥料适用于各种作物和各类土壤，其肥效的高低取决于土壤条件是否有益于微生物的大量繁殖。通常情况下，为了促进有益微生物的繁殖，调整作物与微生物之间的关系，施用微生物肥料必须与有机肥和无机肥配合施用，以此来改善作物的营养条件，充分发挥微生物肥料的增产效果。
微生物肥料可做基肥，更适宜作种肥。作基肥时应与优质有机肥混合均匀，开沟施或穴施。作种肥时有两种选择，一是可在拌种时将微生物肥料加一定比例的清水，调成糊状，将种子拌入。二是可将肥料喷在种子上，但一定要喷拌均匀。此外，微生物肥料也可用于沾秧根移栽。
微生物肥料使用时应注意：
（1）微生物肥料不要直接与碳铵、石灰氮、过磷酸钙和农药等混合使用，以免杀伤有益菌。
（2）微生物肥料用在土壤肥沃、水分充足、通气性能好的中性或微碱性土壤上。