秋季是多种作物收获的季节，也是作物种子贮藏的重要时期。但秋季降雨较多，受阴雨的影响，已成熟的作物得不到及时收获晾晒，贮藏场所湿度大。因此，做好秋种子的贮藏尤为重要。
严防种子发热霉变刚收获的种子若堆放在室外覆盖防雨，极易发热霉变。要在降雨前移入通风的棚室内摊晾，天气好后及时移至室外通风向阳处搭架晾晒，促进种子迅速脱水。不同种子的贮藏含水量标准不同：花生为9%，棉籽11%，小麦、谷子13%，玉米、高粱14%，水稻15%。晾晒要选择晴天，在背风向阳干燥处。要晾晒3-5天，每天翻动2-3次，傍晚时入库或就地堆放加盖覆盖物，达到含水量时入库贮藏。
严禁与农药、化肥同库存放种子入库前，先将库房清扫干净，用10%石灰水消毒晾干后，再用药剂杀灭库房内的病虫害和鼠害。在库房的地面上铺设垫物，垫物的离地高度50厘米左右，将种子存放在垫物之上，使其不与地面接触。
分类存放，防止混杂不同作物种子和同种作物的不同品种，都要做好标签，分别存放，严防混杂。种子入库前，都要按品种的不同，在每个种子袋上挂好标签，标签上注明品种名称、数量、级别、含水量、入库时间等。散装种子，也要按袋装种子的要求放入标签，以防混杂。贮藏种子不能用塑料袋包装，包装种子，应使用透气的编织袋或麻袋。
入库之后，及时检查秋收种子的贮藏期漫长，贮藏过程中要及时检查，发现问题及时解决。若超过温度时，要迅速通风降温；如果发现种子吸湿回潮，含水率大于贮藏标准时，要立即出库晾晒；若发生虫害、鼠害，要及时进行防治。