菌肥亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等，但大多数人习惯叫菌肥。确切地说，生物肥料是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物生长发育需要的营养元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件。
做为生物技术核心内容的菌肥在农业生产有什么重要意义，它和有机质和掺复混肥有什么关系，已经到了广大农民必须掌握，并应用到农业生产实践的关键时刻。
微生物与土壤的关系。土壤是岩石经过风化，增加了透水性和透气性，岩石中的无机盐类，经过微生物作用逐渐将无机物，转变成有机物，使土壤有了有机质，从而增强了微生物活动的食物链。岩石经过若干年的生态循环后，形成岩石土壤和农业土壤，使死土变活土，活土变成油土。可以说没有微生物就没有土壤，微生物是产生土壤、土壤营养和植物生长的基石。
微生物与土壤养分的关系。
一是自然界中有机营养的转化。大自然中动植物的残体，各种纤维素、果酸、木质素、及脂类物质，都是经过霉菌、细菌、放线菌、病毒、梭菌共同配合，分解成有机物，后再经过微生物分解成氨，形成动植物可以利用的蛋白质、氨基酸，这样周而复始的转化，使植物进化和发展。
二是土壤中无机营养的转化。土壤中的不易溶解的磷、钾和中微量元素，不能被庄稼直接吸收和利用，而细菌等微生物，通过氨化反应，消化与反硝化作用，并在解磷、解钾菌配合下，使无机物变成可溶性肥料被植物所吸收。
三是共生关系。土壤中根瘤菌，固氮菌、放线菌等菌类与植物形成共生关系，它们依附于植物体夺取土壤和土壤空气中的氮素，使土壤得到改良，增进团粒结构，改变了土壤三态，促进了作物的生长，植物与菌类终生不可分离。
微生物与庄稼的关系。
（一）菌类是防治植物病虫害的无公害。微生物中的放线菌、病毒和真菌产生的分泌物，如苏云杆菌、白僵菌、5406菌、链霉菌、多角病毒，仅防治病害几百种，防治害虫就可高达 200余种。
（二）微生物是各种农家肥、各种堆肥分解转化的不可替代的物质，也是环境保护、沼气生产必不可缺的分解物质，是庄稼的生命之源。
（三）微生物分解的赤霉素、有机酸、醇类成了庄稼不可缺少的营养物质和植物生长调节剂。
微生物和有机质的关系。有了微生物才产生了有机物，有了有机物才产生了有机质，微生物才有了生存能量，生活的场所，生命发展的基地。反之也有了有机质的累积和多效功能的发挥。在普通土壤中，每克土壤微生物菌类只有成百上千个，而有机质的含量也只有一。而在掺复混肥中，每克有机质颗粒微生物含量有2000万个，有机质含量达到20%，是土壤有机质含量的几十倍。这些微生物和有机质形成共生体。在土壤中形成星火燎原之势，为土壤肥力转化提高，庄稼的健康生长，提供着巨大能量。实践中掺复混肥连续使用三年，土壤可提高一个等级，是有机农业，绿色食品发展的必由之路，其功不可没，可以说没有微生物的发展，就没有农业发展的未来。
利用土壤中一些有特定功能的细菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保护生态环境等明显的生态效益，是21世纪生态农业的肥料。但长期以来，由于一些菌肥效果不稳定，菌数少，无效和有害的杂菌多，细菌在土壤中成活率低，造成菌肥对作物增产的效果不理想，农民不爱使用
1）生物有机肥
价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。