危害茯苓的病害虫有很多种，其病原菌主要是木霉、青霉、曲霉等，它们主要危害料筒。另外，软腐病主要危害茯苓子实体（长成的大茯苓）。
预防方法是：备料时将料筒先在地下垫枕木后码起，下雨前，在料筒上盖地膜或稻草，以防被雨淋湿。在栽培前一天，用0.1%高锰酸钾溶液或1：800的多菌灵悬浊液（水液）；将所有料筒喷雾一次，以杀死孢子或菌丝体。如果发现长成的大茯苓表皮软腐，应及时采收加工。
危害茯苓的害虫也有很多种，但的天敌是白蚁。可以说，能否防治白蚁，是茯苓栽培者能否获得栽培成功和效益的首要条件。
白蚁的防治方法介绍
1、隔年诱杀法
如果您想把某一块农田准备拿来作为明年的茯苓栽培场所，那么，今年立夏过后，您在这块田中等距离挖3～5个0.5m3的小坑，坑中放入干枯的松枝，用水泼湿，掩土，过半个月后，扒开覆土，如果发现有白蚁活动，您就用“灭白蚁灵”（广西产）粉剂涂撒在白蚁身上，那么，白蚁便会中毒相互传染，倾巢死亡。这便为明年栽培创造了良好的条件。
2、加呋喃丹防治法
这是一种在栽培茯苓时另加农药呋喃丹防治白蚁的方法。在栽培茯苓时，先在栽培场地分厢栽培时，每隔1尺远挖深约15cm的小坑，坑中放入枯松树枝和干松毛，同时放一块大拇指大的茯苓菌种，并在松枝松毛周围均匀地、轻轻地放上10克呋喃丹（颗粒），盖土。覆土后，按前面方法栽培。