荸荠基腐病，又称枯萎病，荸荠瘟，农民称之为“死蔸”或“边枯病”，是荸荠的一种毁灭性病害。整个生长季节均可发病，以9月中旬至10月上旬为盛发期，枯死株率达20％～30％，严重田块可达80％以上。一旦田间表现死蔸或边枯，要在发病前期，或刚有个别发生时迅速用药，控制发病中心，否则难以控制。目前尚未有较好的化学药剂，关键是前期做好综合防治。
农业防治选择无病田块留种。实行2～3年水旱轮作或与水稻、莲藕、茭白等作物轮作。发病初期及时拔除病株带出田外深埋，并施药封锁发病中心。荸荠收获后，应及时并集中烧毁田间遗留的残茎枯叶，5月上旬前铲除遗留在田间的球茎野生苗。
加强管理科学施肥，不偏施氮肥，增施磷、钾肥。9月适时追肥2次，防止后期脱肥。适时适度晒田，移栽后15天开始晒田，以后在发病时也要晒田控病。晒田需要适度，以晒至田面湿润小开裂（即泥巴表面硬，里面软）为宜，然后立即复水，晒田时间一般为2～3天，多5天。晴天时间短些，阴雨天时间长些，但9月不宜重晒荸荠田。发病初期田间应保持一定的水层，生长中后期田间应保持湿润。
土壤大田犁翻时，先每亩施生石灰100千克沤田，5～7天后结合施基肥撒施敌磺钠2.5千克。
球茎和荠苗采用广东珠海市绿宇生化技术研究所研制的生物药剂14％百枯净可湿性粉剂100克兑水120千克，在育苗前对种球茎浸泡18～24小时，在定植前再将荠苗浸泡18小时，同时剔除病弱苗。
毒土处理荠苗（种球）床移栽前，用14％百枯净可湿性粉剂100克拌细土15千克，或混配生物营养液肥50克，将14％百枯净药肥与细土拌匀，均匀撒在耕后的土壤中，并划锄，耧平，使药剂分布于土壤降解病原菌。
滴灌施药提前将水位排降到与荸荠根茎部持平（根茎部水位约1厘米）后，用14％百枯净可湿性粉剂100克兑水30千克，或混配生物营养液肥50克，使用铁（钢）杆式喷雾器喷头戳点每株荸荠根部土壤滴灌施药至滴灌处冒出气泡。施药3～5天后再灌水恢复到种植田原来的水位。连续滴灌2～3次，间隔10～15天。
浸渍施药先行排除荸荠种植田全部水量后，用14％百枯净可湿性粉剂100克兑水60千克，或混配生物营养液肥50克，均匀泼洒荸荠植株地上部与根茎部。施药后种植田灌水到仅浸渍荸荠根茎部1厘米水位直至第二次施药。连续2～3次，间隔7～10天。
化学防治田间发现病株时，应排干田水，及时喷药（特别是茎基部）。每亩用25％咪鲜胺乳油30毫升，或20％三唑酮乳油100克+40％多·酮可湿性粉剂6克，或50％果病克可湿性粉剂0.1千克喷洒，或50％甲基硫菌灵·硫黄悬浮剂600～700倍液，或70％代森锰锌干悬粉500倍液喷雾。用14％百枯净可湿性粉剂100克兑水60千克，或混配生物营养液肥50克，均匀喷药植株地上部。防治效果较好。
注意事项药剂要交替使用，在用药时，加入农药黏着剂，增强农药的黏着力，并配合叶面肥一起施用。讲究施药技术，每亩喷上述药量不能少于15升，并且要带喷头细喷。施药时田中应保持浅水层，以提高防治效果。抓住防治适期，在秧田后期施药预防2次，带药下田。防止移栽时造成伤口，可减轻后期发病程度，降低防治成本。发病早的年份或田块，应于8月下旬至9月上旬开始施药，每隔10天施药一次，连续施药3～4次。发病迟的年份或田块，应于9月中旬至9月下旬开始施药，每隔10天施药一次，连续施药2～3次。
使用百枯净时，对种植田土壤施药后，宜保持表土润湿，否则影响药效，如果混配生物营养液肥时配施草木灰或窑土效果更佳，不可与铜制剂及碱性较强的农药混用。此外，百枯净对荸荠茎腐病的防治也较好。