在高温多雨季节，化肥应以仓库堆存为主。库内既要通风、降温，又要防雨防潮。肥料在仓库内的储存方法有大堆储存和袋装储存两种。
对于吸湿性比较强的氮肥品种如铵，无论是大堆散存还是袋装存放，为了避免结块，应控制散堆与包堆的高度，如25-40公斤的大袋存放，以20袋一堆为适中高度。
若选择货棚储存，堆放地点应选择在地势较高、地面平整、不积水的地方，下铺苇席或塑料薄膜。肥料堆放整齐后，上面应用塑料薄膜覆盖，同时架设棚顶，加盖苫布等措施防雨。
化肥储存要做到“六防”
1、防挥发
氨水、碳酸氢铵极易挥发，所以储存时要密封。还有氮素化肥、过磷酸钙严禁与石灰、草木灰等碱性物质混合堆放，以防产生化学反应，造成氮素化肥挥发和降低磷肥的肥效。
2、防潮湿
铵、石灰氮和过磷酸钙吸湿后易结块，影响施用效果。还有碳酸氢铵吸湿后，氮易挥发，要密封牢固，避免与空气接触。所以，这些化肥应存放在干燥、阴凉处。
3、防腐蚀
过磷酸钙有腐蚀性，应防止与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜储存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
4、防高温
氮素化肥经日晒，氮的挥发损失会加快；铵遇高温会分解氧，这些都会造成化肥失效。
5、防火
铵、钾等有助燃性，贮存时不能和易燃物如煤油、汽油、秸秆、木屑等堆放在一起，以免引起火灾。
6、防金属
铵、钾等若与铜、铁等金属粉末混在一起，一旦摩擦撞击，就会引起事故。所以这些化肥结块硬化后，不要用金属物猛击，要用重物碾碎。