（1）有效期。存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用。
（2）温度。施用菌肥的温度是25-37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适温度土壤的含水量是60%-70%。
（3）地点。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
（4）菌数。有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。
（5）时期。生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果较佳。
（6）混合。应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。
（7）用量。对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量。