施生物菌肥是为了增加土壤“有益微生物”，而土壤微生物显著的成效就是“分解有机质”。土壤中除了有益微生物之外，也有病原菌及有害菌的存在，这些有害微生物同样会利用有机质来大量繁殖，除了造成作物的病害之外还会导致土壤问题越发严重。因此，有机物的施加必须配合以有益微生物来对抗病原菌才能有助于作物和土壤。
有机质和微生物之间的关系密不可分。比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
土壤微生物可以分解矿物质。土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。
生物菌肥与有机肥配合使用功效的体现。有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物。另外，有机质是微生物的食物，土壤中有机质越多微生物才能活得更好。这样二者搭配施用，相互促进，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率。
无机肥料是通过土壤中有机质的分解、转化，间接供作物吸收。有机质的增加促进土壤活性的增加，给微生物创造了生存活动、繁殖的空间。反过来生物菌的大量活动又激活了土壤活性，形成对土壤十分有利的良性循环。
随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用。这就是为什么增施有机肥和生物菌肥能够提高化学肥料的利用效率的原因，从而降低化肥使用量，让土壤健康和食品健康有所保障。