有机肥使用效果是否良好，除了其生产企业产品本身要符合国家标准外，还涉及到经销商和厂家对用户使用方法的正确宣传引导。今天我们主要从养分、pH、氯离子含量、含盐量、阳离子交换量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金属、有害微生物等因素和用户使用方法来进行说明为什么有机肥使用效果不佳的原因。
有机肥的原料主要分为这几类：
粪便、动植物残体（包括风化煤）、污泥、生活垃圾，一般来说，污泥制肥和生活垃圾制肥的市场价格是的。目前国家也正对这两种原料进行限制使用，并在肥料登记证申办时进行审核，并禁止污泥制肥，而粪便制肥和植物残体制肥较受投资者青睐。小规模的、半生产式的也就是灌装的没有原料的有机肥料生产企业占了系统有机肥料生产企业一半以上，一般都规模不大
一是他们有机肥的发酵和除臭工艺不够健全技术支撑不够，他们把生产商品有机肥等同于农民自制农家肥（技术指标经常达不到行业标准），只作简单的堆沤。有的甚至是将几种原料简单的混配，就把未腐熟或未完全腐熟的有机肥卖给农民，没有必备的生产设备，也没有检测，生产技术极其低下。
目前的有机肥标准中，关于有机肥的定义涉及到发酵腐熟这一个词，但整个有机肥标准中却没有腐熟的鉴定标准，全凭企业主观判定，留下一个真空地带。例如，新鲜鸡粪晒干就卖给种植户，只要证件齐全，按有机肥料标准检测也是合格的，但用了易出问题。
腐熟就是有机肥生产中的重中之重，这里涉及到一系列的生产工艺和发酵菌种。有些有机肥的使用效果确实不错，而有些有机肥因为本身质量不过关和宣传误导，导致在种植过程中未能体现出来效果。
个别还会出现减产烧苗等问题，这对农户对是否值得继续使用有机肥打上了一个大大的问号。还有不少肥料企业标明有机肥可以洒施追肥，但追肥不覆土，发挥不了肥料应有的作用。
有些有机肥用到地里，还能发热甚至发臭，有的惹来各种有害生物，有的直接导致作物萎蔫死亡，有的导致叶片黄化，有的刚拆开肥料袋就能闻到恶臭甚至未开袋就能在农资店闻到恶臭些问题，直接导致种植户心寒。有机肥因使用量少、质量参差不齐，大部分很难起到应有的作用。