种子休眠的原因各不相同，但大致可分为三种类型。
一、胚的后熟
作物种子成熟过程中，胚及其周围的组织成熟的程度不一。即使种子已经脱落，有的胚还没有成熟。这类种子只能在胚发育完成之后才发芽。另外，也有的胚即使在形态上完善了，而在生理上却未成熟。只有当胚完成了后熟之后，种子才能从休眠状态过渡到萌发状态。
二、硬实（种子透性不良）
种子在成熟时变成了硬实，种皮不透水、不透气，因而不发芽。豆类特别是小粒豆类作物的种子比较容易形成硬实，如绿豆、紫云英等。大粒豆类作物如大豆，在干燥、高温、氮素多的环境下种植，也常常产生硬实。变成硬实的种子，其脐部产生硬实结构，阻碍着水分的吸收，因而不能发芽。
三、发芽的抑制物质
种子休眠的重要原因之一是果实和种子中含有某种抑制发芽的物质，致使种子发不了芽。水稻种子的抑制物质存在于谷壳之中，小麦在种皮里。据分析，抑制小麦发芽的主要成分之一，是三羟基黄烷酮和五羟基黄烷。