五味子果实成熟采收后，挑选籽粒饱满、粒大、无病害的五味子果实，在温水（40―45℃）中浸泡3天，搓去果肉，选出种子，再用水选法去掉秕粒，存放于通风干燥处，干燥后进行层积处理。层积处理方法是将准备好的种子与3倍质量的湿沙充分混合，沙子湿度以手捏不成团为度，挖60cm×60cm×60cm的坑槽，种子与沙子混合物厚度40cm埋土15cm，再盖一层草，用土压住，四周挖好排水沟，防雨水灌入。在此过程中定期检查防止种子发霉，如发现有霉菌菌落产生可用百菌清1000倍液或用甲基硫菌灵1000倍液喷雾处理。一般层积处理90―120天，见胚根稍露即可播种。
如果层积时地槽温度较高，达8―12℃，70―90天即可播种。也可将种子与沙子混匀后装入木箱等窗口内放入菜窖里进行层积，五味子种子层积要根据播期来确定温度、时间，避免出现层积后胚根突破种皮时播种田地温较低不能播种的现象，而造成损失。低温湿沙层积处里五味子种子，种胚短时间内可完成形态后熟。层积中后期通过低温层积处降低五味子种子的内源抑制物质活性，促进种子萌发。