微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的微生物群落，而不是营养元素。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。
例如：以固氮细菌为主的微生物肥料能通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用??即固氮作用;以解磷细菌为主的微生物肥料则通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用??即解磷作用;以解钾细菌为主的微生物肥料主要作用是，通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用??即解钾作用。同时，微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。
总的来讲，微生物菌肥的作用就是细菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。所以，微生物的作用是作用于土壤中、反应在作物上。如果土壤养分太低，微生物肥料(菌剂)也无回天之力，还得加施有机肥或化肥。
以上就是微生物肥料的作用原理的介绍，大家在了解之后，可以根据实际的种植情况，更加合理的选择和利用微生物肥料。
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