在果树套袋子前一定要注意防治病虫害，尤其是在选择农药时要特别注意：
一、要选择低毒低残留的农药品种及生物农药、植物源、矿物源制剂，严禁使用高毒农药。
二、重视运用农业、物理等防治措施。可采取清理果园、刮树皮、合理施肥等农业措施；大力推广应用性诱剂、频振杀虫灯、糖醋液诱杀害虫。
三、选择合理的防治时机，适时适量用药，对症下药。对不同的病虫要有针对性地选用农药，如防治咀嚼式口器害虫，要选择具有胃毒作用的杀虫剂；防治刺吸式口器害虫，要选择内吸性强的杀虫剂；防治白粉病，可用三唑类剂；防治性病害，应用农用链霉素或新植霉素等。不同病虫的防治适期也有差异，如苹果霉心病在盛花末期为防治时机；苹果褐斑病应在4~6月进行预防，发病后（7月中旬）要多次使用内吸性剂，才能减少病菌的再次浸染而不会造成大量落叶。根据温湿度环境条件确定药量，如在温度较低时期，可使用剂量；在湿度大或有雾、露及连阴天情况下，勿喷药和使用波尔多液、合成铜制剂等。对抗性强、有蜡质覆盖体表的害虫，可添加农药助剂，以增加农药渗透力、黏着力。
四、要选用压力大、雾化好的施药器械。对矮化、稀植果园尽量使用低容量喷雾器械；要使用小孔径的多喷头或喷枪，以确保雾化程度高，药剂均匀着落于叶面、果面，提高防效。
五、要选择不影响授粉及损伤果面的新型的农药品种。生长前中期不使用广谱性杀虫剂，以免杀伤天敌和蜂、蛾、蝶类有益授粉的昆虫；不使用含硫黄、铜、复配及非络合态代森锰锌类剂和低效、质量差的剂，以免产生果锈或造成果面粗糙；不使用如福美双等对幼芽、幼果易产生药害的剂。尽量少使用可湿性粉剂和乳油，可使用水悬浮剂、干悬浮剂、水乳剂、微乳剂类农药，后者药液颗粒细小，杀虫且持效期长，还可避免果锈产生。如30%菌无菌，50%甲基硫菌灵悬浮剂、40%多菌灵悬浮剂等。用药的时候，加入春雨1号子弹头，不仅提高药效，而且增强果树长势，防治落花落果达到膨果美果的目的。
六、果实套袋前控制好蚜虫、介壳虫、康氏粉蚧、盲蝽等刺吸式害虫的危害。在套袋时要防止有害虫残体遗留在果面上，还要防止因虫量大，套袋后有害虫钻入袋内，造成果面出现黑点和斑点，影响品质。
七、果实补钙是套袋苹果所必不可少的。宜选用硼、钙相互促进吸收或含稀土的钙制剂为佳，使用不宜少于2次，为提高跟外追肥效果，配合使用中威子弹头一起使用，提高肥料吸收的45%-60%。
八、腐烂病发生严重的果园，要合理施肥、叶面喷肥，恢复树势。要施足底肥，追施磷钾肥，并在花前、幼果、中后期喷施娇艳等叶面肥。
九、选用优质、透气性强的膜、纸袋。对于高温、多雨年份，增加果袋透气孔密度或扩大透气口，可有效减少苹果黑点病等病害的发生。