复合肥养分全面，含量高，物理性状好，但在施用过程，要注意三个问题。
一、因土壤因作物选择复合肥料的品种，只有这样，才能发挥其肥效。稻、麦、玉米等谷类作物需氮肥较多，可选用氮磷复合肥；豆科作物能固定空气中的游离氮，可选用磷钾复合肥；某些经济作物则可选用与当地土壤、气候条件相适应的三元或多元复合肥料。
二、复合肥料应与单质肥料配合施用。复合肥中的营养成份是固定的，只有与各种单质肥料配合施用，才能满足作物不同时期对养分的需求。一般来说复合把适合作基肥，而单质肥料可作追肥施于作物需肥的高峰期和关键期。
三、要方法得当。各种复合肥中，各种营养成分的比例和形态是不一样的，加上土壤和作物种类不同，施肥的方法也不应一样，要区别对待。粘性土壤保肥力强应深施，沙质土壤易脱肥，可少量多次施用。对含铵态氮的复合肥料，应深施覆土，减少损失，对含磷、钾养分的复合肥，应集中施用，施于根系附近，既避免养分被固定，又便于作物吸收利用；对价格昂贵的磷酸二氢钾，一般不应作基肥，而适宜作根外迫肥或用以浸种。