不同作物根系发育程度不同，即使同一作物不同生长期，根系在土层中分布的深度也不相同。合理施肥应该把肥料大部分施在根系密集的层次，施在根系活力强的部位，这样有利于作物的吸收。施肥深度直接决定肥料在土壤中的位置，进而决定着肥料与不断伸展的作物根系的相互关系。只有把肥料施到作物的“嘴边”（根系吸收层），才能充分发挥其肥效。但在生产实践中，不少人却往往忽视对施肥位置的考虑和合理安排。
1、表面施肥：
表面施肥是将肥料徹施于土面的方法。肥料在土壤中分布浅，一般只在耕作层上部的几厘米，主要满足作物苗期、根系分布浅时的需要。肥料施于表面易被雨水或灌溉水沖走，易挥发，也易被土面新发芽的杂草幼苗所吸收。因此，除密植作物的后期难以进行机械和人工施肥时撒施表面，不论有机肥料和化肥都提倡深施。
2、全耕层施肥：
全耕层施肥是将肥料与耕作层土壤混合的施肥方法，深0~10cm，也有深至15cm左右的。利用机械耕耙作业进行全耕层施肥较为方便，一般在完成耕地作业后，将肥料撒施在耕翻过的土面上，然后用旋耕机或耙进行碎土整地作业，使肥料混合进人耕作层土壤中。采用人工施肥时，需在施肥的田间不断捣翻土壤，以便肥料混合于耕作层中，比较费工。这种施肥方法的主要好处是肥料能均匀分布于耕作层中，有利于在一段时间内作物根系的伸展和吸收，使作物的长势均匀。但采用这一方法每次所需的肥料量较多，如果肥料较少，难以达到均匀施肥。
如在耕地作业前在较平实的田面施肥，然后进行耕地，则大部分肥料将随土块耕翻时被翻入耕作层底部，肥效较长，但在作物生长的早期供肥稍差。
3、分层施肥：
为了兼顾作物生长的早期和晚期需肥，又能减少施肥次数，可在作物种植前实行对不同土层的分层施肥。较常见的是双层施肥，即把施肥总量中一定比例的肥料（如60%），利用机械耕翻或人工将其翻施入耕作层下部，为下层肥，深10~20cm，然后将其余部分肥料再施于翻转的土面上，在耙地碎土时混入耕作层上部土层中（上层肥），深0~10cm。作物生长的早期，主要利用分布在上部的肥料，晚期可充分利用下部的肥料。实施这种方法，一次施肥量可较大，施肥次数少，肥效高。对应用地膜覆盖栽培的作物，尽量不破膜追肥，尤其适宜这种方法。