随着菜农对土壤改良意识的不断提高，微生物菌剂的使用越来越广泛，那么，怎样施用才能将微生物菌剂的肥效发挥到更大呢？需要注意以下5个事项：
注意1：
氮、磷、钾总含量超过7%时与菌混合，会抑制菌的活性。菌与化肥混合时，一定要注意肥料中的氮、磷、钾总养分不要超过7%，一旦超过会抑制菌的活性，如果氮、磷、钾总养分大于7%，建议随用随混。目前，有些厂家的复合微生物菌肥中的氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，这对于一般的菌种来说，都会造成菌活性降低甚至造成部分死亡。但如果厂家选用的是耐化肥的菌种，就可以菌肥肥效。
注意2：
不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
注意3：
对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
注意4：
在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀死细菌；如果是单一的微生物菌肥，建议将菌肥埋在作物根系附近，以增加肥效；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加水稀释后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
注意5：
高温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。
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