甘薯贮藏的理想窖温为10℃-13℃，窖内湿度维持在80%-90%。窖温10℃以下10天就会出现冷害病症，16天后约有57%的薯块发生冷害、14%的薯块发生腐烂。7℃-8℃时，约15天开始腐烂。
与冷害有所区别，冻害是在温度低于0℃时薯块内部细胞间隙结冰引起的腐烂。受冻的薯块，细胞中的钾、钙、磷、氯等离子渗漏，尤其是钾离子大量渗出，细胞浓度降低，受新陈代谢作用破坏，很快引起腐烂。眼下寒冬已至，广大薯农要引起足够重视，采取必要的防寒措施。
保温保湿。关严薯窖门窗、窖口、气眼等，一旦窖内温度低于10℃则要根据具体窖型进行增温，目前主要有电暖气、炉灶、火道以及空调增温等。同时，可在薯堆上覆盖麦秸、草毡、棉被等进行保温。如果窖内湿度小，可在窖内薯堆旁的地沟内放水调湿，窖内空气相对湿度以经常保持在85%左右为宜。
及时清理病薯烂薯，确保窖内清洁。收获入窖时薯皮的剐蹭易造成后期病菌的感染，因此甘薯窖藏期间要经常对窖内的病薯烂薯进行清理，但切忌，不要为了发现病薯烂薯而对薯堆、薯块进行反复翻找，以免造成二次剐蹭。
定期对窖内进行杀菌消毒。可用甲基托布津、多菌灵、咪鲜胺等药液喷打窖壁四周以及薯堆，也可用硫黄、百菌清等烟熏剂密闭熏窖杀菌，防治贮藏期甘薯病虫害。